Η Α.Ε.Λ Καλλονής βρέθηκε στη μεγάλη κατηγορία του ελληνικού ποδοσφαίρου με τρεις συνεχόμενες παρουσίες από το 2013 έως το 2016.
Σε αυτές τις τρεις σεζόν κατάφερε να μαζέψει 99 βαθμούς παίζοντας 98 παιχνίδια, σημειώνοντας 26 νίκες, 21 ισοπαλίες και γνωρίζοντας 51 ήττες με τέρματα 84-154. Η θέση της στη συνολική κατάταξη 69 ομάδων είναι 51η.
